Tendrás un diagrama? Tengo dificultad para entender la situación y tu duda. Y tal vez pantallazo del dashboard con flechas descriptivas.
Es común que entre switches (cisco, o meraki, o de cualquier otra marca) la interconexión se haga con "troncales", 802.1q. Por default, los puertos de los switches meraki están todos configurados en troncales, pasando todas las vlans (no hay que crearlas, ya están), y vlan nativa 1.
Las troncales idealmente tienen que tener la misma configuración en los dos switches, en los puertos usados para esa interconexión. Ambos puertos como troncales, admitiendo las mismas vlan y misma vlan nativa.
Los dispositivos como teléfonos se conectan a un puerto de switch configurado como "acceso", y en esa configuración se define en qué vlan va.
Aquí hay un par de módulos de cursos con detalle de cómo hacer configuraciones de puertos y uplinks/troncales.
No sé si ese switch que hablas tenga dos puertos potenciales de uplink (49, y 38). Los uplinks para los switches meraki, no tienen que ser los de fibra. Un uplink es el camino que el switch toma para establecer su comunicación de gestión con la nube. Tal vez se hizo un cambio en el switch cisco (remotamente via ssh) que hizo que en el meraki, que está debajo de ese swicth cisco, se cambiara el uplink.