Estando en automático el puerto WAN del MX68, y el del Módem, debiera no tener problemas. Yo los dejaría en auto.
Por otro lado, si se pone el LED en naranja-rojo, como la foto, significa que desde la perspectiva del MX68, se perdió acceso a internet.
Curioso el comportamiento que describes de los puertos LAN del MX68. Te sugiero marcarle a soporte para que recibas el soporte que la licencia ampara, y revisen a más detalle:
Encuentras todos los números telefónicos, yendo a la esquina superior derecha, bajo: "?" > Get help > Still need help? > Call the Meraki Support team > View regional phone numbers,